La race ovine Charollaise telle qu'elle se présente aujourd'hui est le résultat d'une sélection très liée à l'histoire économique de sa région d'origine.
A la fin du 18ème siècle, la région s'étendant des massifs du Morvan aux vallons Charollais et à la plaine de la Bresse, comptait une population ovine variée, baptisée "Morvandelle", dont le principal débouché était l'approvisionnement en viande de Paris.
Avec l'essor de l'industrie lain
ière, le nouvel objectif des éleveurs fut l'amélioration de la qualité de la laine, d'où des importations de Mérinos, qui ne furent cependant pas croisés avec ces populations locales.
Toutefois, dès 1820, le malaise économique dans l'industrie lainière incita de nouveau les éleveurs à se tourner vers la production de viande. Ainsi, l'importation de reproducteurs Leicester (communément appelés Dishley) se développa et les croisements avec le cheptel local permirent de produire un mouton plus homogène. Dès cette époque, le nom de "Mouton Charollais" était cité sur certains marchés.
Au début du 20ème siècle le Mouton Charollais, connu également sous le nom de "Mouton de Pays", formait la majeure partie du cheptel de la région. Après la première guerre mondiale l'arrivée du Southdown fit sérieusement réduire les effectifs en Moutons de Pays. Mais dès les années 50, la recherche de carcasses plus lourdes et peu grasses redonna l'avantage au Mouton de Pays.
En 1962, quelques éleveurs décidèrent d’organiser le premier concours de la race qui eut lieu à Palinges en Saône-et-Loire et le « Mouton de Pays » fut définitivement baptisé le « MOUTON CHAROLLAIS ». La même année, ces éleveurs ouvraient le Livre généalogique de la race.
En 1963 eu lieu à Palinges en Saône et Loire le premier concours de la race qui fut définitivement baptisée "Mouton Charollais".
En 1973 l'Association des éleveurs de Moutons Charollais se transforme en UPRA (Unité Nationale de Sélection et de Promotion de la Race). Le chemin des concours nationaux et des salons officiels étaient alors ouverts au Mouton Charollais, présent au Concours Général agricole de Paris depuis 1972.
En 1974 la race fut reconnue par le Ministère de l'Agriculture.
En 2008 l'UPRA se transforme en OS (Organisme de Sélection) Mouton Charollais suite à une réforme impulsée par le Ministère de l'Agriculture en 2006.
Partie de peu en 1963, la race Charollaise est actuellement une des premières races françaises en croisement industriel et compte un cheptel de plus de 400 000 têtes en France dont plus de 6000 brebis en sélection.